Niniškės е село в районна община Molėtai, в Утенски окръг, Литва. Niniškės се намира на 182 m надморска височина. Най-близкият голям град е Утена, на 20 km на североизток. Сред забележителностите наоколо са Molėtai Astronomical Observatory (5,6 km), Lithuanian Museum of Ethnocosmology (5,2 km) и Synagogue of Alanta (12,0 km).